海口综合保税区设立后，将是手续最简化的海关特殊监管区域。为了进一步降低海口综合保税区企业的通关成本，加快资金流转，提高通关效率，海口海关将按照《中华人民共和国海关保税港区管理暂行办法》的有关规定，全方位简化综合保税区货物进出境手续，实现综合保税区与港口之间的联动。
据了解，海口海关对在综合保税区内进行保税仓储、配送、分拨和加工的货物，凡属综合保税区和境外之间进出的货物，实行备案制管理；出口货物入区即可签发出口退税证明；区内货物可以自由流转，实行电子报备；对从区内销往国内的货物，按实际状态申报；对在综合保税区内从事保税加工业务的企业，不实行保证金台帐制度；对区内货物实行以查代核，实现实时管理和动态服务。
